El prisionero del cielo descubrimos que aquel adolescente al que conocimos en La sombra del viento ahora está casado con Bea y es padre de un pequeño niño llamado Julián. Daniel Sempere recibe la visita de un misterioso personaje en la librería preguntando, nada más y nada menos, que por Fermín. Asustado, éste decide contarle a su amigo y jefe su historia. Una historia que empieza en el castillo de Montjuïc y que acaba el día que se conocieron en la plaza Real. En la prisión en la que eran encarcelados aquellas personas políticamente contrarias al régimen dictatorial de Franco Fermín Romero de Torres conoce a David Martín (protagonista de El juego del ángel), al que apodan como el prisionero del cielo. La cárcel está regentada por el villano Mauricio Valls, alguien con escasa habilidad literaria que mantiene con vida a David Martín para que éste le reescriba su obra. Para conseguirlo, Valls amenaza con hacer daño a su amiga Isabella Gispert, su marido y su hijo: Daniel Sempere. Allí, el escritor y Fermín entablan amistad y planean la huida de este último emulando a El Conde de Montecristo, con la condición de que Fermín cuide siempre del pequeño Daniel. Cuando todo está listo, Fermín decide robar a su compañero una llave que abre el tesoro que ha conseguido con los crímenes de la guerra civil.